Будет ли мультидоменный сертификат защищать домены как с WWW, так и без WWW?

К сожалению, нет. Он защищает только те домены и субдомены, которые указываются при заказе сертификата. Если вы укажете www.domain.com и domain.org, то domain.com и www.domain.org не будут защищены. При заказе нужно указать оба варианта с WWW, так и без WWW.
Мы же рекомендуем настроить редирект между доменами. Т.е. вы можете купить сертификат для www.domain.com, а с domain.com настроить редирект на www.domain.com. Так посетители всегда будут попадать на защищенный сертификатом домен, а вы не будет платить за дополнительный домен.